İşlem birkaç aşamadan oluşmaktadır.  İlk aşamada saç diplerinin temizlenmesi ve işleme açık hale gelebilmesi için buhar yöntemiyle saç temizlenir ve iğnelere enjeksiyon yapılmadan uygulanarak saç diplerindeki kirli kanın dışarı atılması sağlanır. Daha sonra 6 mm boyutundaki iğne ile hastanın tedavisi için hazırladığımız karışım hastanın saç derisine enjekte edilir.

Bu işlem yaklaşık 3-5 dakika sürmektedir. Bu işlemle birlikte saç derisine ilaç karışımı enjekte edilmiş olur. Daha sonra saç derisini özel bir solüsyonla yıkanır ve diğer aşamaya hazır hale getirilir. Diğer aşama özel bir kürün saçlara uygulanmasıdır. Saçlar nemli ve gözenekler açıkken saçlardaki yaraların iyileşmesi için anestezi etkilerine sahip olan bu kür saç derisine sürülmektedir. Bu sayede yaraların çabuk iyileşmesi hedeflenir.En son aşamada ise hastaların saç derisine, saçlarını koruması ve işlemin etkilerini güçlendirmesi için bir yağ kürü uygulayarak işlemi sonlandırmaktayız. Saç mezoterapisi saç derisinin altına enjekte edilen ilacın, saç derisi tarafından emilme işlemine uygun ortam yaratımından başlayarak işlemin korunması aşamasıyla sonlandırılır.